転写（トランスファー）は電気泳動で分離されたタンパク質を電気的にゲルから膜（メンブレン）へと写す工程です。作業自体は簡単ですが、転写する際にムラになったり、泡抜けすることがあり技術的なハードルがあります。Ready-to useのQBlotキット（トランスファーパック）を使用すると、失敗することなく再現性の良い結果を得ることが可能になります。

転写した膜は、タンパク質バンドがない部分に抗体や検出用の酵素などが非特異的に結合しないように、まずブロッキングをします。ブロッキング剤はターゲットタンパク質の種類や、検出方法を考慮して選択します。その後、ターゲットタンパク質の抗体や検出用の標識抗体をと抗原抗体反応をします。抗体反応は抗体の希釈率、反応時間や温度によって、実験結果が大きく影響されます。

ターゲットタンパク質の検出は、抗体に標識された酵素や蛍光などの種類によって、また酵素の基質の種類によっても発光や発色検出に分かれ、検出感度とシグナル強度が大きく影響されます。たとえばHRP標識による検出の場合、ターゲットタンパク質の発現量や、実験目的、検出感度、撮影可能な装置（スキャナーやケミルミ撮影システム）などにより検出試薬が異なってきます。

ウェスタンブロッティング解析で理想的なデータを得るためには、ターゲットタンパク質の発現量や実験目的、使用する撮影装置に応じて検出方法を選択し、さらに重要なことは、検出方法、特に検出試薬に最適な光源とフィルターの組み合わせで、可視光・蛍光・発光のイメージングを行うことです。